Despues de mucho buscar y leer me he topado con esta interesantisima guia sobre como configurar los transportistas en una tienda online creada con prestashop.
Aunque es una manera bastante costosa de configurar, es sin dudarlo la mas completa y la mejor.
Aqui teneis el enlace a la web de obligada visita:
http://www.ticmedia.es/blog/transportistas-prestashop/
Y aqui el pdf que he creado por si algun dia la web desaparece: