Cuando programas lo mejor es ir guiando al usuario final para que no cometa fallos ni termine en sitios que no tocan.
Con este plugin para jquery podremos ir mostrando ventanas emergentes tipo alert muy vistosas y con muchas posibilidades, ya que nos da la opción de que sea una simple ventana emergente, una ventana con opciones tipo aceptar y cancelar, etc.
Podéis ver el plugin para generar alerts y ventanas emergentes en funcionamiento con todas sus versiones aquí:
Buenas!.. este plugin de jquery para las ventanas emergentes no es open source? no encuentro los javascript ni css
No es gratis pero su precio es muy bajo, lo tienes aqui http://codecanyon.net/item/attention-box/107394